En 1996, destacados representantes del sector educativo, reunidos bajo la presidencia del Ingeniero José Dextre Chacón, deciden fundar una nueva universidad. Después de dos años de esfuerzo, el 5 de febrero de 1998, el Consejo Nacional para la Autorización de Funcionamiento de Universidades (CONAFU) aprobó el funcionamiento de la Universidad Científica del Sur mediante Resolución N°356-98-CONAFU.

Su primera Comisión Organizadora tuvo como Presidente al sabio peruano Dr. Fernando Cabieses Molina, quien fuera su primer Rector, manteniéndose el Ing. Dextre como Presidente del Directorio de a Asociación Promotora. Junto a ellos, el Dr. José Chacón Polar, distinguido médico peruano de destacada trayectoria en la enseñanza de la medicina y primer Vicepresidente Académico, conformaron el grupo directivo fundador.

El acto de instalación se realizó el 26 de marzo de 1998 en el Museo Pedro de Osma, y contó con la participación del Doctor Fernando Antezana, Director General Adjunto de la Organización Mundial de la Salud; Chris Ward, Agregado Cultural de la Embajada de los Estados Unidos; y Joel Salpak, Embajador de Israel, entre otras distinguidas personalidades.

El 12 de julio se inició públicamente la campaña de admisión, y en setiembre de 1998 se inauguraron las actividades académicas en un acto de bienvenida en el que participaron todas las autoridades de la Universidad, docentes, padres de familia, alumnos ingresantes e invitados. El primer semestre académico se inicia con cincuenta alumnos agrupados en dos carreras: Medicina Humana e Ingeniería de Sistemas.

Iniciamos con 2 carreras y 50 alumnos, hoy ofrecemos 17 carreras a más de 2,000 alumnos seleccionados cuidadosamente. Tenemos a disposición de nuestros estudiantes y toda la comunidad universitaria un campus de diseño ambiental con cerca de 50,000 m2, ubicado en la zona ecológica de los Pantanos de Villa, considerado como uno de los más innovadores a nivel nacional.

En el año 2009, la Universidad Científica del Sur y el Fondo Latam Perú (FLP), administrado por ACCESS SEAF, se asocian con el firme propósito de continuar desarrollando una oferta educativa de primer nivel mediante una importante inversión destinada a la construcción del nuevo campus en el distrito de San Borja, la ampliación del actual campus de Villa y la adquisición de equipos de enseñanza de última tecnología.

Esta inversión permitirá a la UCSUR construir un moderno edificio de Post Grado y Centro Cultural sobre un terreno de 3,000 m2 en el distrito de San Borja, el cual contará con un teatro con capacidad para 400 espectadores.